В качестве особой причины революции принято называть идеологическую, или религиозную. В результате Реформации, осуществленной в ХVI веке, государственной в Англии стала английская, или англиканская церковь, главой которой считался сам монарх. Английские католики были лишены политических прав и подверглись преследованиям. В то же время многие протестанты полагали, что проведенная властями реформация недостаточна, и настаивали на ее углублении. Такие позиции занимали последователи Ж. Кальвина, которых в Англии называли пуританами. К ХVII веку внутри пуританского движения выделились две основные группы: пресвитериане и индепенденты.
Пресвитериане признавали, что во главе новой церкви должен находиться совет выборных старейшин-пресвитеров. Индепенденты занимали более радикальную позицию-они стояли за независимость каждой церковной общины. Пуритане разделяли догмат Кальвина о божественном предопределении, что, по мнению многих историков, и определило революционный характер их взглядов. Сложность ситуации была связана с тем, что в трех королевствах религиозные различия были существенными. В Англии приверженцы реформации смотрели на католиков как на угрозу. Казалось, "пороховой заговор" 1605 г. давал основания для этого. Когда при Карле руководство англиканской церкви заняло примирительную позицию по отношению к католикам, пуритане восприняли это как едва ли не больший грех, чем быть католиком. В Шотландии господствующие позиции занимала пресвитерианская церковь, а в Ирландии большую часть населения составляли католики.

Попытка короны унифицировать порядок служб вызвала протест. В 1637 году в Шотландию был направлен Единый молитвенник, что вызвыло взрыв сопротивления. С петициями протеста выступили представители разных слоев общества. Хотя Карл и родился в Шотландии, он совершенно не понимал сложившейся там обстановки. Он угрожал, что объявит предателями тех, кто будет продолжать упорствовать. Это не только не остановило его противников, но вызвало революцию. 28 февраля 1638 г. во время четырехчасовой церемонии в шотландской столице Эдинбурге священниками и представителями городов был подписан Национальный Ковенант, религиозный и политический документ, ставший идеологической основой шотландского восстания.